Helt tilbage fra Christian d. 4’s tid er Holmens Kirke blevet udbygget, ombygget og sammenstykket af meget forskellige materialer, forskellige gule og røde mursten samt munkesten. Efter kirkens udvidelse i 1640 var det derfor nødvendigt at pudse murerne, der derpå bemaledes med gule og røde vandrette striber, som imiterede gule og røde mursten, med hvide afstribninger, der skulle illudere fuger.
Arkitektfirmaet Toyberg-Frandzen A/S har stået for restaureringen og Guldmann Dam / Prenor har udført murerarbejdet på gavlfacaden.
Holmens Kirke har stor historisk betydning for Danmark og København. Kirken har mange bevarede gravminder i form af epitafier, sarkofager, gravsten og kisteplader. De mest kendte er Niels Juel, Tordenskiold og C.F. Hansen.
Margrethe 2. blev døbt i kirken 14. maj 1940 og gift med Prins Henrik den 10. juni 1967. Kronprins Frederik og Kronprinsesse Marys tvillinger blev døbt den 14. april 2011. Mærsk Mc-Kinney Møller blev bisat fra Holmens Kirke d. 21. april 2012.
Holmens Kirkes historie
Kilde: Holmens Kirkes hjemmeside.
Fra gammel tid havde søens folk søgt til Skt. Nikolaj Kirke. De søfarendes skytshelgen havde lagt navn til kirken, og den var bygget tæt ved stranden, hvor fiskerne landede deres fangst, og skipperne havde deres boder.
Syd for Skt. Nikolaj Kirke lod Christian d. 4. så i 1617 bygge nye skipperboder til boliger for sine søofficerer. Ønsket om en kirke for marinens folk meldte sig snart, og d. 5. september 1619 kunne biskop Hans Resen indvie Frederik d. 2's ankersmedje på Bremerholm til orlogskirke.
Orlogsværftets smedje fra 1563, bygget af Peter de Duncker, udgør grundstammen i Holmens kirke. Skippergang, korgang og kor, dvs. skib og kor, Holmens kirkes øst - vest akse, svarer til den gamle ankersmedje, og kvaderstenssoklen er den originale sokkel med tidernes omsætninger og reparationer.
Mellem selve smedjen og kanalen lå en treetages tårnbygning kronet af en høj gavl i italiensk stil og med en lille tagrytter med spir, således at udsigten fra slottet ikke skulle skæmmes af smedeværkstedet med de mange rygende skorstene. Tårnet rummede en tid bl.a. Den Kgl. Mønt, smedemesterbolig, toldbod og navigations skole.
I 1640 var pladsen blevet for trang. Overbygmester Leonard Blasius forestod nu en betydelig udvidelse af Holmens kirke. Den tidligere smedje blev forhøjet, så den flugtede med tårnbygningen, som blev inddraget til kor, og der tilføjedes en nord - syd korsgang med klokkespir over krydset.
Hovedindgangsportalen fra 1619 "Den store Kirkedør" i nordsiden blev rykket ud i den nye korsarms nordgavl - ud mod den nuværende Holmens Kanal. Således kom kirken til at fremstå med den grundplan, den har endnu. Mod øst ligger "Skippergangen", mod vest "Korgangen", mod nord "Kaptajns-gangen" og mod syd "Urtegårds-gangen".
Den således sammenstykkede kirke stod nu i mange forskellige materialer - gule mursten, røde mursten, munkesten og mindre nyere sten. Det var derfor nødvendigt at pudse murene, der derpå bemaledes med gule og røde vandrette striber, som imiterede gule og røde mursten, med hvide afstribninger, der skulle illudere fuger.